리플리(시고니 위버 분)와 2명의 생존가 잠들어있는 타임 캡술은 지구로 귀환 중이다. 하지만 이미 에이리언이 침입하게 되어 화재가 나자 우주선은 리플리를 포함한 생존자들은 구명선(Eev Unit 2650)에 태워져 근처에 있는 광석 제련 설비를 갖춘 Y-염색체 이상범죄자 수용소인 피오리나 161 혹성(Fiorina "Fury" 161)에 비상 착륙시킨다.