미로를 탈출한 토마스와 러너들은 자신들이 겪었던 위험한 실험에 미스터리한 조직 ‘위키드’가 관여된 것을 알게 되고, 그들의 정체를 밝혀 왜 이런 일들이 일어나고있는지를 알아내기 위해 또 다시 탈출을 시도한다.